Kerusuhan Mei tahun 1998 di Indonesia memiliki hubungan tersendiri dengan Taiwan. Di Taiwan, tragedi ini disebut sebagai Black May Riots (黑色五月暴動). 

Peristiwa Mei 1998 merupakan demonstrasi anti pemerintah yang kemudian berkembang menjadi kerusuhan sipil berskala besar, terjadi di Indonesia pada bulan Mei 1998, terutama di Medan, Jakarta dan Solo, khususnya antara tanggal 12-15 Mei 1998.

Kerusuhan tersebut dipicu oleh korupsi politik lokal, kekurangan pangan, dan pengangguran massal, yang akhirnya menyebabkan pengunduran diri Presiden Suharto dan runtuhnya pemerintahan Orde Baru, yang telah memerintah selama 32 tahun. Etnis Tionghoa Indonesia menjadi sasaran utama kekerasan tersebut, meskipun warga Indonesia non-Tionghoa juga tewas dalam kerusuhan tersebut.

Pada tahun 2023, Presiden Indonesia Joko Widodo secara resmi mengakui pelanggaran hak asasi manusia serius yang dilakukan selama kerusuhan 1998 dan menyatakan "penyesalannya."

Berdasarkan data arsip dari Central News Agency (CNA), situasi di Indonesia pada saat itu dengan segera direspons oleh pihak Taiwan, sebab ada ribuan warga Taiwan yang beraktivitas di Indonesia serta rasa solidaritas yang tinggi akan etnis Tionghoa perantauan di Indonesia.

Pada 14 Mei, kegiatan Jakarta Taipei School (JTS) dihentikan. Namun, ada lebih dari 20 siswa yang sempat terjebak karena kerusuhan, dan baru dapat dikawal pulang pada pukul 4 pagi esok harinya. Lima mahasiswa teknik Taiwan dari Bandung dan 20 guru yang sedang berada di JTS juga tidak dapat dihubungi.

Pada hari yang sama, lima badan usaha milik warga Taiwan dikonfirmasi telah rusak karena kerusuhan. Keesokannya, beberapa pabrik pengusaha Taiwan di Indonesia berhenti beroperasi, sementara asosiasi pengusaha Taiwan di Jakarta telah menghentikan kegiatan operasional.

Setelah terjadi gejolak di pemerintah dan perdebatan di legislatif, kelompok kerja lintas kementerian pada 15 Mei memutuskan penambahan penerbangan EVA Air dan China Airlines ke Indonesia untuk membawa pulang warga Taiwan, mulai sehari setelahnya.

Berdasarkan arsip CNA, seorang pengusaha mengatakan ia dan keluarganya menghabiskan 15 jam dalam ketidakpastian tanpa air, listrik, atau makanan, sementara pabriknya dikepung 400 orang.

Seorang wisatawan mengatakan, "kaca-kaca pusat perbelanjaan dihancurkan, dan para perusuh masuk dan mengambil semua barang yang ada, semuanya sangat menakutkan."

Seorang pengusaha Taiwan yang kembali dari Indonesia pada tanggal 18 mengatakan bahwa pabrik tekstil yang ia bangun dengan susah payah dibakar massa pada hari kedua setelah kerusuhan pecah.

Sebelum kerusuhan pecah, lebih dari 20.000 pebisnis Taiwan dan keluarga mereka tinggal di Indonesia. Hingga 20 Mei, 6.000 warga Taiwan dan sejumlah warga Tionghoa Indonesia telah dibantu dievakuasi ke Taiwan.

Di Taiwan sendiri, setelah kerusuhan Mei 1998, berbagai tempat di wilayah Taiwan khususnya Kota Taipei dipenuhi oleh orang-orang Indonesia keturunan Tionghoa. Tidak sedikit yang kemudian menetap di Taiwan dan menjadi penduduk baru di Taiwan.