Pada tahun 2014, DNA mitokondria kerangka Manusia Liangdao ditemukan dengan memiliki dua dari empat mutasi karakteristik subkelompok E1. Dari sini, Ko et al. menyimpulkan bahwa Haplogrup E muncul 8.000 hingga 11.000 tahun yang lalu di pantai utara Fujian, melakukan perjalanan ke Taiwan dengan pemukim Neolitik 6.000 tahun yang lalu, dan dari sana menyebar ke Asia Tenggara Maritim dengan penyebaran bahasa Austronesia.

Masa neolitikum dan zaman perunggu dengan penemuan budaya yang lebih maju

Antara 4000 dan 3000 SM, budaya Dapenkeng (dinamai berdasarkan sebuah situs di Kabupaten Taipei) muncul secara tiba-tiba dan menyebar dengan cepat di pesisir pulau, serta Penghu. Situs-situs Dapenkeng relatif homogen, ditandai dengan tembikar yang dicetak dengan tanda tali, kerikil yang dipatuk, beliung batu yang sangat halus, dan ujung-ujung tipis dari batu tulis kehijauan. Penduduknya menanam padi dan millet, dan terlibat dalam berburu, tetapi juga sangat bergantung pada kerang laut dan ikan. Sebagian besar ahli percaya bahwa budaya ini tidak berasal dari budaya Changbin, tetapi dibawa melintasi Selat oleh nenek moyang penduduk asli Taiwan saat ini, yang berbicara dalam bahasa Austronesia awal. Tidak ada budaya leluhur di daratan yang telah diidentifikasi, tetapi sejumlah fitur bersama menunjukkan adanya kontak yang berkelanjutan. Namun, era neolitikum Selat Taiwan secara keseluruhan dikatakan, oleh para ahli, telah diturunkan dari budaya Neolitikum di daerah Yangtze bagian bawah, khususnya budaya Hemudu dan Majiabang. Kemiripan fisik telah ditemukan antara masyarakat dari budaya ini dan penduduk Neolitikum di Taiwan.

Penerus budaya Dapenkeng di seluruh Taiwan dibedakan secara lokal. Budaya Fengpitou (鳳鼻頭), yang dicirikan oleh tembikar bertanda tali merah halus, ditemukan di Penghu dan bagian tengah serta selatan sisi barat pulau, dan budaya dengan tembikar serupa menempati wilayah pesisir timur. Budaya-budaya ini kemudian berdiferensiasi menjadi budaya Niumatou dan Yingpu di Taiwan tengah, budaya Niuchouzi (牛稠子) dan Dahu di barat daya, budaya Beinan di tenggara, dan budaya Qilin (麒麟) di timur tengah. Budaya Yuanshan (圓山) di timur laut tampaknya tidak berkerabat dekat dengan budaya-budaya ini, menampilkan kapak belah, kapak batu berpundak, dan tembikar tanpa cetakan tali.

Pada awal periode Neolitikum, giok hanya digunakan untuk peralatan seperti beliung, kapak, dan mata tombak. Sekitar tahun 2500 SM, ornamen giok mulai diproduksi, mencapai puncak kecanggihannya antara tahun 1500 SM dan 1 M, khususnya pada masa Kebudayaan Beinan di Taiwan selatan. Semua giok yang ditemukan di Taiwan berasal dari endapan nefrit hijau di Fengtian, dekat Kota Hualien modern. Nefrit dari Taiwan mulai muncul di Filipina utara antara tahun 1850 dan 1350 SM, yang memicu budaya giok Filipina. Sekitar awal Era Umum, pengrajin di Taiwan beralih dari giok ke logam, kaca, dan akik. Namun, pengrajin Filipina terus mengolah giok dari Taiwan hingga sekitar tahun 1000 M, menghasilkan liontin lingling-o dan ornamen lainnya, yang telah ditemukan di seluruh Asia Tenggara.

Artefak besi dan logam lainnya muncul di Taiwan sekitar awal Masehi. Awalnya ini adalah barang dagang, tetapi sekitar tahun 400 M besi tempa diproduksi secara lokal menggunakan bloomerie, sebuah teknologi yang mungkin diperkenalkan dari Filipina. Budaya Zaman Besi yang berbeda telah diidentifikasi di berbagai bagian pulau: Budaya Shihsanhang (十三行文化) di utara, Budaya Fanzaiyuan (番仔園) di barat laut, Budaya Daqiuyuan (大邱園) di perbukitan barat daya Kabupaten Nantou, Budaya Kanding di barat tengah, Budaya Niaosung di barat daya, Budaya Guishan (龜山) di ujung selatan pulau, dan Budaya Jingpu (靜浦) di pantai timur. Barang dagangan paling awal dari Tiongkok yang ditemukan di pulau itu berasal dari dinasti Tang (618–907 M).

Pada milenium berikutnya, teknologi-teknologi ini muncul di pesisir utara Pulau Luzon, Filipina (250 km selatan Taiwan), dan kemungkinan besar bahasa-bahasa Austronesia, diadopsi oleh penduduk setempat. Migrasi ini menciptakan cabang bahasa Austronesia, yaitu bahasa Melayu-Polinesia, yang sejak saat itu tersebar di wilayah yang luas dari Madagaskar hingga Hawaii, Pulau Paskah, dan Selandia Baru. Semua cabang utama bahasa Austronesia lainnya hanya ditemukan di Taiwan, urheimat dari rumpun bahasa tersebut.

Kelompok prasejarah di Taiwan mempraktikkan beragam praktik pemakaman, dengan masing-masing budaya memiliki praktik yang berbeda. Penggalian makam kuno merupakan kunci bagi para arkeolog untuk memahami budaya-budaya awal Taiwan ini. Benda-benda makam yang dikubur bersama orang mati juga memberikan bukti nyata adanya hubungan perdagangan yang kompleks dan pertukaran antarbudaya. Beberapa adat pemakaman kuno ini dipraktikkan oleh budaya-budaya asli Taiwan modern, tetapi banyak yang telah hilang.

Artefak besi dan logam lainnya muncul di Taiwan sekitar awal Masehi. Awalnya ini adalah barang dagang, tetapi sekitar tahun 400 M besi tempa diproduksi secara lokal menggunakan bloomerie, sebuah teknologi yang mungkin diperkenalkan dari Filipina. Budaya Zaman Besi yang berbeda telah diidentifikasi di berbagai bagian pulau: Budaya Shihsanhang (十三行文化) di utara, Budaya Fanzaiyuan (番仔園) di barat laut, Budaya Daqiuyuan (大邱園) di perbukitan barat daya Kabupaten Nantou, Budaya Kanding di barat tengah, Budaya Niaosung di barat daya, Budaya Guishan (龜山) di ujung selatan pulau, dan Budaya Jingpu (靜浦) di pantai timur. Barang dagangan paling awal dari Tiongkok yang ditemukan di pulau itu berasal dari dinasti Tang (618–907 M).

Pada milenium berikutnya, teknologi-teknologi ini muncul di pesisir utara Pulau Luzon, Filipina (250 km selatan Taiwan), dan kemungkinan besar bahasa-bahasa Austronesia, diadopsi oleh penduduk setempat. Migrasi ini menciptakan cabang bahasa Austronesia, yaitu bahasa Melayu-Polinesia, yang sejak saat itu tersebar di wilayah yang luas dari Madagaskar hingga Hawaii, Pulau Paskah, dan Selandia Baru. Semua cabang utama bahasa Austronesia lainnya hanya ditemukan di Taiwan, urheimat dari rumpun bahasa tersebut.

Kelompok prasejarah di Taiwan mempraktikkan beragam praktik pemakaman, dengan masing-masing budaya memiliki praktik yang berbeda. Penggalian makam kuno merupakan kunci bagi para arkeolog untuk memahami budaya-budaya awal Taiwan ini. Benda-benda makam yang dikubur bersama orang mati juga memberikan bukti nyata adanya hubungan perdagangan yang kompleks dan pertukaran antarbudaya. Beberapa adat pemakaman kuno ini dipraktikkan oleh budaya-budaya asli Taiwan modern, tetapi banyak yang telah hilang.

Masa prasejarah Taiwan dianggap berakhir pada saat terjadinya kedatangan Perusahaan Hindia Timur Belanda (Vereenigde Oostindische Compagnie – VOC) pada tahun 1624.