東非國家索馬利亞(Federal Republic of Somalia)政府以所謂一中原則拒絕承認台灣護照及旅行文件，在該國實質控制索馬利蘭(Republic of Somaliland)領空情況下，將衝擊台灣與索馬利蘭的互動；外交部表示，索馬利亞政府這種阻止民主國家人民相互交往的粗暴行徑，已對非洲之角情勢造成惡劣影響；相關交涉行動已在進行，外交部會及時說明最新情況。

索馬利亞民航局4月22日通告，索馬利亞政府根據聯大第2758號決議堅持一中原則，因此通知所有航空公司營運商及利害關係方，從4月30日開始，所有由台灣或其附屬機構簽發的護照及相關旅行證件，不得再用於進出及過境索馬利亞聯邦。

索馬利亞政府若嚴格落實執行這項決定，最直接的影響是我國與索馬里蘭的交流，尤其我國在索馬利蘭設有代表處；但索馬利蘭自己就有國際機場，索馬利亞的決定，為何與索馬利蘭有關呢？外交人士指出，因為索馬利亞一直實質控制索馬利蘭領空。

這是外交部29日晚間在新聞稿裡提到索馬利蘭的原因，台、索也正合作洽請理念相近國家及國際組織採取具體行動，撤銷索馬利亞的錯誤做法。外交部發言人蕭光偉說：『(原音)外交部對於索馬利亞在中國唆使下，採取限縮我國人旅行自由及安全的做法，提出嚴正抗議，並要求索馬利亞政府立刻撤銷這個公告；對於索馬利亞政府錯誤解釋聯合國大會第2758號決議，並與所謂一個中國原則掛勾，圖謀製造台灣隸屬於中華人民共和國的假象，外交部也予以嚴正駁斥並強烈譴責。』

外交部呼籲，在索馬利亞政府尚未撤銷此公告之前，國人暫勿前往索馬利亞聯邦及索馬利蘭共和國。

外交部重申，索馬利蘭共和國自1991年宣布獨立以來，已進行4次總統大選，政治情勢穩定，民主持續深化，與台灣同為民主自由的理念相近國家。