國安局長陳明通因捲入前新竹市長林智堅的論文事件而引發爭議。陳明通今天(6日)赴立法院外交國防委員會進行國安局業務報告，面對立委詢問是否要向林智堅論文事件的另一名研究生余正煌道歉，陳明通表示，「陳局長不回答陳教授的問題」，但「陳教授」已向台大做過相關說明，為尊重調查小組的相關程序，他沒有進一步評論。

前新竹市長林智堅遭質疑台大國發所的碩士論文涉抄襲調查員余正煌的論文，台大認定抄襲情節嚴重，撤銷林智堅的碩士學位，而林智堅當年台大國發所的指導教授、現任國安局長陳明通因數度發聲明替林智堅背書，引發在野黨抨擊。陳明通在林智堅論文事件後久未公開露臉，6日赴立法院外交國防委員會進行國安局業務報告時，被大批媒體包圍，但面對媒體詢問有關林智堅論文事件相關議題，陳明通皆沉默不語，未做回應。

由於余正煌日前已委託律師提告，國民黨立委馬文君質詢時關切，陳明通先前數度替林智堅說明卻傷害了余正煌，余正煌也是公務體系人員，若遭受委屈，陳明通是否會向余正煌道歉？

陳明通則表示，「陳局長不回答陳教授問題」，但他也指出，「據了解，陳教授在律師陪同下」，向台大社科院等進行相關說明、提供相關文件予調查小組，現正進行司法等程序，為尊重相關程序，他沒有進一步意見。