糞便中的細菌經過培養也能治療疾病。有民眾就接受了微菌叢植入治療，治癒了會嚴重腹瀉的「困難梭狀桿菌」。台北榮民總醫院表示，治療原理就是從健康人體的糞便中，篩出微菌叢並植入患者腸道，進一步平衡腸道細菌生態以維持健康。

33歲的曹先生因為感染了「困難梭狀桿菌」，一天腹瀉7、8次，經過多次的抗生素治療還是沒有改善，這讓他相當灰心。他說：『(原音)蠻蠻蠻挫折的，因為我小孩剛出生，我覺得我的人生怎麼會這樣。』

「困難梭狀桿菌」不光是腹瀉，嚴重還會有敗血症等併發症，不僅有高復發率也有高死亡率。而治療好曹先生的台北榮民總醫院，則是採用國內特管辦法許可的微菌叢治療，北榮內科部主任侯明志進一步解釋，其治療原理就是從健康人體的糞便中找出好的細菌，並透過大腸鏡、膠囊、腸胃管、灌腸等方式進入患者體內，藉此平衡腸道細菌生態。

為了培養糞便中的微菌叢，北榮更首創國內「微菌叢植入前置作業中心」，從收集評估、過濾篩檢、培養植入都採嚴格標準。腸胃肝膽科主任黃怡翔說：『(原音)如果糞便進來會先進入均質機，之後會有過濾，這邊有大孔到小孔的篩檢，這樣纖維跟雜質就會留在上面，這時候我們再做基本處置，這檢體前面會有檢驗，最後有病人有需要的話，我們再出庫。』

北榮內科部主任侯明志表示，微菌對身體健康扮演了重要角色，包含自閉症、帕金森症、老人癡呆、減重、免疫、肝硬化併發症等，已經有醫學研究認為跟微菌叢有正面相關，因此，前置作業中心除了提供治療服務也嘗試深化醫學研究。