高雄市政府針對敦睦艦隊設籍在高雄的300多名官兵進行疫調，高雄市府原定今天(23日)下午5時前針對不配合疫調的24人開罰，不過，高雄市長韓國瑜下午4時30分臨時舉行記者會，宣布所有官兵已全數完成疫調。高雄市府也強調，這300多名高雄官兵是群聚感染的「相關人員」，高市府進行疫調是依法行政。

海軍敦睦艦隊爆發群聚感染，其中有300多人是高雄人，高雄市府從20日晚間開始聯繫、進行疫調，高雄市長韓國瑜23日上午舉行防疫記者會時指出，仍有24名官兵拒絕疫調，若到下午5時仍拒不配合，市府將依傳染病防治法第43條開罰最高新台幣30萬元。不過，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中23日下午在疫情記者會中表示，依照傳染病防治法規定，只有確診個案與極度疑似個案才有接受調查的法定義務。

國防部23日下午舉行記者會，副部長張哲平表示，疫情指揮中心與高雄市府的認知有點不同，但經國防部了解後，有些官兵可能認為對方並非可合格進行疫調的人員，所以才不回答，經過海軍宣導以及與高雄市府聯繫後，情況已改善，國防部會全力配合。

高雄市長韓國瑜23日下午也再次臨時舉行防疫記者會，表示經過指揮中心的協調後，所有官兵已全數完成疫調。他說：『(原音)身為高雄市長，最重要的工作、責任就是保護好高雄市民朋友的健康、生命財產安全，連續多次的呼籲，這些拒絕疫調配合的所有官、士、兵、學生必須要接受，否則我們今天下午5點以前要開罰，那非常高興他們已經願意配合我們，我們完成所有的疫調工作，331位，我們現在完成了330位，因為有一位資料還不夠完善。』

韓國瑜指出，中央疫情指揮中心23日公布新增一例敦睦艦隊確診個案，其一採陰性，且是之前拒絕疫調的官兵，希望經由這次的案例，做為未來防疫工作的參考。

高雄市衛生局長林立人則表示，由於敦睦艦隊發生群聚感染，因此，所有船上的官兵、學生都是群聚事件的「相關人員」，根據傳染病防治法，有必要對這些人進行疫調，市府是依法行政，如果這次是通例的話，未來衛福部或疾管署應對於這樣的傳染病防治作為，給予市府正式的提醒或指示，也希望未來在傳染病防治上，中央與地方政府一起調整。