國籍航空機組員返台檢疫措施除了6月27日剛施行的「自重點高風險國家航線航班返台，須居家檢疫14天」外；還有依據接種COVID-19疫苗情況，實施寬嚴不一的居檢措施，即將於7月1日上路。根據了解，目前國籍航空機組員施打第一劑COVID-19疫苗的比例已近9成7，但是完成兩劑注射的只有一、兩成。

為了因應COVID-19病毒的Delta變異株，中央流行疫情指揮中心除了從27日開始，針對國籍航空機組員實施「自巴西、印度、英國、祕魯、以色列、印尼及孟加拉等7個重點高風險國家航線航班返台，須居家檢疫14天(結束日PCR檢驗)」外；7月1日起，入境旅遊疫情第三級地區的長程航班機組員，也將依據接種COVID-19疫苗的情況，實施寬嚴不一的居檢措施。

這項機組員7月居檢新制包括：尚未接種疫苗及接種1劑疫苗未達兩周者，返台後將採7天居家檢疫(結束日PCR檢驗)+7天加強版自主健康管理(第14天抗原快篩)；接種1劑疫苗且滿兩周，但尚未具完整疫苗保護力，採5天居家檢疫(結束日PCR檢驗)+9天加強版自主健康管理(第9、14天抗原快篩)；唯獨完整接種2劑疫苗達兩周且抗體檢測陽性者(每3個月監測)，可採7天自主健康管理(結束日PCR陰性)。

根據民航局截自28日的統計，目前大約一萬名國籍航空機組員中，完成第一劑疫苗接種的比例已近9成7，但是完成兩劑的只有一、兩成。民航局長林國顯說：『(原音)機師的部分，打完第一劑的有97%、空服員95%，加起來大概9,700多人，整體來講就是97%；那打完第二劑的大概有14%，機師有21%、空服員有10%，那這個有1,390人左右。』

此外，根據業者統計，目前全數完成第一劑疫苗注射的包括華航機師、華信機組員以及星宇航空線上機組員；華航空服員、長榮及立榮前後艙機組員、還有台灣虎航機組員也有9成8完成第一劑。至於第二劑則受限於日前疫苗短缺以及需間隔數周方能注射第二劑，還有機組員排班等問題，目前只有超過四分之一的長榮機師、以及兩成五的華航機師、還有近兩成的華航空服員、和16%的星宇線上機組員完成第二劑。