一場流產政變導致蘇聯人和盛世才的關係開始惡化，到1943年夏天，蘇聯人在新疆的工作環境越來越困難。莫斯科決定召回大部分專家，並關閉部分領事館。所有蘇聯顧問與教官被送回家，剩下的是幾乎遍及當地所有國家機構和內外貿易企業及外交使團的假冒身份的 KGB 工作人員。

這個時候，雖說蘇聯與盛世才的關係已經破裂，但鈾礦的開採工作卻更加緊密地進行。KGB上校納姆・愛丁頓（Naum Aitingon）帶著史達林親自下達的任務訪問了新疆，返回莫斯科後，他向史達林遞交報告，指出在Tarbagatay塔爾巴加泰山脈南部和離蒙古國不遠的 koktokay 可哥托海山區發現了大量鈾礦。

KGB的頭目拉·貝利亞（L. Beria）來到了阿拉木圖，並在當地設立了一個秘密辦公室。那時正是偉大的衛國戰爭時期，KGB頭目不在西部前線為紅軍搞情報，為戰爭服務，卻跑到阿拉木圖這個大後方，當然不是來度假的。這只能說明這裡有比西邊的戰爭還要重要的事情！KGB上校納姆·愛丁頓和他的上司帕維爾・蘇多普拉托夫將軍開始負責蘇聯的原子能情報工作。

而這時，烏斯曼在美國中央情報局和麥基南的援助下正和他的對手，那個精河縣的哈薩克小軍閥打得不可開交。蘇共最高領導人認識到，他們的絕密核武計劃可能走漏了風聲，經過一番研究他們決定推翻新疆當地政府，扶持一個代理人政權來保護蘇聯的原子能項目。大戲就這樣開場了。

1943年5月4日，蘇聯共產黨聯盟中央委員會發布命令為新疆的維族，哈薩克族，吉爾吉斯族和蒙古族的解放運動提供支援。緊接著，當年5月16日，在中央人民政府政治局會議上討論新疆的外籍人士的狀況時，有人指出，盛世才是一個忘恩負義和不誠實的人。儘管蘇聯政府為他提供了多年幫助，但他不僅不懂得感恩，反而把事情弄得 更糟，對蘇聯造成經濟和政治上的損害。基於此結論，會議做出決定，推翻盛世才政府。 這樣，就為入侵新疆提供了一個說法。接著，7月30日，蘇聯國防委員會頒布命令，決定有組織地搜尋鈾礦石，所有在蘇軍中服役懂得地質勘探的人一律從前線撤出，直接派去搜尋戰略礦石。

同年，在蘇聯秘密警察的幫助下，一個解放東突厥斯坦的組織成立了。其成員都是來自伊犁的人員：烏茲別克人Alihan Shakirhojaeu 阿裡汗・夏克爾獲加耶夫和Salihjanbai Babajan 薩利赫江巴依 巴巴江，維吾爾人：Ahmetjan Kasimi 艾和買提江・卡斯穆，Rahimjan Sabirhadjiev 熱合木江・薩比爾江耶夫，Abdukerim Abbasov 阿布杜克裡姆・阿巴索夫，Abdurauf Maxum 阿布杜如夫・馬克西姆，Muhamijan Maxsum 木哈米江・馬克西姆，Muhitdin Kanat 木黑丁・卡那提，Zunun Taipov 祖農・塔伊波夫，Gani Yoldashev 嘎尼・耶裡達式夫，Kasimjan Kambari 卡斯木江・坎貝爾，Nurdunbek Ilham 努爾丁別克・伊力哈木和 Omerjan Pirmuhamhammat 烏姆爾獎・皮爾木哈麥提。維族人在這個組織中佔多數是有原因的，當時新疆人口80%以上是維吾爾族。蘇聯秘密警察開班培訓上述這些人的維吾爾民族認同感，加強他們的民族情緒。除了教他們使用武器之外，也加強政治思想教育，使他們堅信社會主義理想與共產主義的理念。也要使他們服從與崇拜史達林的意識形態。賽福鼎·艾則孜（Saifudin Azizi，30-40年代是蘇聯秘密警察特工，後來成了中共政治局候補委員）說：「那個時候，我們這些從蘇聯接受教育回來的年輕人堅信蘇聯及蘇聯所做的一切，我們信仰並崇拜史達林的意識形態。新疆有很多受過教育的年輕人，他們的思維方式與我們相同，我們堅 信，蘇聯政府和史達林所做的一切都是正確的。」

這個組織裡的所有專家們都參加了新疆地區的起義。

當時，蘇聯駐伊犁領事館的負責人是格裡戈裡・多巴希姆（Grigori Dobashim），他是地質學院「奧爾喬尼吉德熱」（Ordjonikidrze）的畢業生。從1940年到1944年，他是蘇聯駐塔城（Chuguchek）的領事，從1944年到1948年是駐伊犁（Ghulja）的領事。一般人可能會覺得奇怪，政府駐外單位的領導職位為什麼會指派給一個地質學家？但是當你看到幕後正在發生的事，你就不會感到意外了。因為，當時新疆/東突厥斯坦人民的解放運動的發生，以及所有的一切，都是為了一個目的：原子能項目（atomic project）。

蘇聯偉大的衛國戰爭勝利後，在授勳表彰人員名單中有一個叫多巴西的上尉獲得了紅星戰役勳章，戰勝德國勳章和勞動紅旗，表彰的原因是他積極參與了偉大的衛國戰爭。可這個人卻從來沒有上過前線，他一直在離前線非常遠的新疆。還有一個非常蹊蹺的事就是，位於莫斯科的「奧爾喬尼吉德熱」（Ordjonikidrze）地質研究所被撤銷，但實際上是搬到了塞米巴拉金斯克（Semipalatinsk）。那是位於哈薩克斯坦東部與新疆接壤的地方。這裡現在已經是一座城市，這個城市的名字永遠和蘇聯第一個核試驗場聯繫在一起了。這個地質研究所的許多老師，學者和畢業生為原子專案作出重大貢獻。獲得文憑後，許多畢業生立即被派往探險隊尋找鈾礦床。(待續）