憲法法庭認為，法務部是刑法的主管機關，因此視為相對人，一切依法行政，裁定駁回。對此，行政院長卓榮泰今天(6日)表示，法務部是行政團隊的一部分，當然可以代表行政院，也代表憲法的基本立場，這是憲法法庭正常的運作方式。

立法院提起聲請異議指出，法務部是釋憲案聲請人之一、行政院的下級機關，難以期待法務部會提出和行政院不同的法律見解，要求憲法法庭應撤銷法務部作為相關機關的決定。

卓榮泰表示，行政院今天由秘書長龔明鑫和訴訟代理人出席，這一場憲法訴訟，行政院站在憲法的高度、站在人民的態度，也站在保衛國家憲政機關如常運作的立場，行政院提出捍衛憲法的理論跟基礎。

他表示，法務部是行政院團體的一部分，當然可以代表行政院，也代表憲法的基本立場，陳述保護人民、捍衛憲法的基本想法。卓榮泰說，這完全是在憲法法庭上運作的正常方式，他希望今天言詞辯論能夠很順利，捍衛憲法精神，這就是人民之福。