中國大陸國務院台灣事務辦公室(國台辦)與其他部門於6月21日透過記者會宣布懲獨22條，陸委會主委邱垂正表示，抗議引發兩岸人民對立、增添赴陸風險的措施，拒絕發給涉台系統「一把手」來台許可，這也是爾後面對審查申請案件的原則。此外中共對台複合式施壓，邱垂正強調，對於中共時時提高警覺，不過絕不會濫以國安名義限制人民自由，台灣社會不會有所謂的「麥卡錫化」。

邱垂正接受媒體專訪時強調，必須對於對岸拋出「關於依法懲治台獨頑固分子分裂國家、煽動分裂國家犯罪的意見」(懲獨22條)表達抗議，拒絕發給地方台辦主任來台許可將是審查申請案件的原則；除非其願意接受在台約晤。

中國大陸日前對台拋出「懲獨22條」，邱垂正形容，這對於兩岸正常交流帶來極大殺傷力，激起兩岸人民對立、增添赴陸人身風險，「幾乎是你不支持中共統一政策就可能被繩之以法」。

懲獨22條有判處死刑、缺席審判、終身追溯等設計，搭配「台獨頑固分子舉報信箱」鼓勵檢舉。邱垂正表示，這些所謂的懲治措施增添赴陸人身風險，也對常住在陸的台灣民眾帶來惶惶不安，除了透過橙色警戒提醒民眾外，勢必要與大陸反映、抗議。

「我們後來就不發(來台許可)證給省市或各重要城市的台辦主任」，邱垂正指出，懲獨22條嚴重傷害台灣人民情感，必須對台辦系統表達抗議，在拒絕上海市台辦主任金梅來台前，其實也拒絕了杭州市台辦主任參與兩湖論壇的來台申請。

「如果非來不可，那要與我們約晤」，邱垂正還原拒絕金梅來台與會雙城論壇的情況。他說，彼時有開出但書，要求與金梅私下約晤，擬當面表達對於懲獨22條的不滿，不過最終未獲同意；不發給上海市台辦主任來台許可，這不是針對台北市政府的作為，在對岸發布懲獨22條後，「我們都沒有讓主管台灣事務的這些台辦主任來台」。

邱垂正強調，這也會是爾後審查申請來台案件原則，對於台辦人員負責行政工作會加以協助，「但是如果是主任、副主任的層級，我們就會有比較嚴格的管控」。

對於兩岸宗教交流，陸委會也將採取嚴審立場，這是對於台灣3名一貫道信徒在陸被拘捕的回應動作。

中國大陸國台辦13日首度對外證實，周姓、江姓、謝姓等3人在陸涉嫌「組織、利用會道門破壞法律實施罪」，被廣東省公安機關逮捕。

邱垂正提到，這3名老先生、老太太不過是講四書五經，不能理解為什麼要動用刑法去逮捕，在中國大陸宣揚四書五經，倘若犯了什麼法，也要告知台灣，完全無法理解對岸的標準在哪裡。邱垂正指出，對於未來兩岸宗教交流會採嚴審立場。

邱垂正表示，應對中共對台統戰作為不是一件容易的事，有些模糊地帶難以辨識，政府會從加強交流管理、強化識讀教育、及時揭露訊息等面向努力。

邱垂正提到，統戰是聯合次要敵人、打擊主要敵人，爭取多數、孤立少數後再各個擊破，達成政治目的；中共對台統戰，對於不同群體使出的手段不同、應對方式不同。他直言，台灣對待兩岸交流態度是「真心的搞交流」，期待相互理解、諒解、化解分歧；不過只要中共政權存在，其所主導的對台交流恐都有統戰任務成分在。

邱垂正指出，兩岸不能沒有交流，可是又要如何防備其對台灣內部滲透、分化，尤其是在認知作戰部分，政府會從強化交流管理、識讀教育、揭露假訊息做起。

對中共提高警覺心的同時，如何不讓台灣社會落入麥卡錫主義(McCarthyism)環境？邱垂正強調，自由民主憲政體制是政府努力守護的核心，補強民主防衛機制的前提是維護自由民主憲政正常運作，不會借口國家安全、社會安定去「禁這個、禁那個」。

邱垂正直言，麥卡錫主義是拚命做宣傳、氾濫地指控、列入黑名單、限制了自由；台灣規管民眾必須有法律依據、依法行政、證據主義，因為必須維護自由民主人權基本價值，「這個是民主防衛機制，不是麥卡錫，這差別很大」。

「直接禁止是最快、最簡單的做法，但是傷害自由民主原則」，邱垂正強調，政府願意做識讀教育、訊息揭露等工作，不會告訴人民為了國家安全、社會安定「這個不能做、那個不能做」，否則這類禁止將傷害自由、人權；各式規管都有法律依據，例如反滲透法，台灣社會不會走向所謂的「麥卡錫化」。