馬英九基金會2024年11月底邀請中國運動選手馬龍、楊倩等人來台進行學術交流。不過當時參訪團的陸生在提及台灣12強棒球賽奪冠時，卻指稱我方為「中國台北隊」、「一起為祖國努力」等言論，引發爭議。陸委會與移民署開會研議後，移民署10日下午約談前總統馬英九，釐清陸生來台程序，是否符合《大陸地區人民進入台灣地區許可辦法》相關規定。

馬英九在進入移民署說明前接受媒體訪問時表示，他親自出席說明會議，就是希望藉此向賴清德總統的政府呼籲，不要用政治的力量與行政的手段，阻斷兩岸青年交流的珍貴機會，這對兩岸的和平穩定不利，也不符合台灣民眾的利益。

馬英九說，大陸上海復旦大學二年級的宋思瑤同學在接受台灣媒體訪問時，恭喜中華隊當時拿到棒球世界冠軍，她脫口說出的「中國台北」隊，是大陸地區普遍的用語，他相信絕大多數的台灣民眾都會相信當時她並沒有貶抑台灣的惡意，而且是真心恭喜台灣棒球隊獲得世界冠軍。

馬英九說，他相信賴清德總統一定不會和一位20歲的大陸女同學錙銖必較，希望賴政府能高抬貴手，不要處分馬英九基金會，否則將會產生不必要的「寒蟬效應」，讓其他台灣民間單位更加不敢邀請大陸的團體來台，這樣會嚴重影響兩岸民間交流，對台灣並無好處。馬英九還特別強調他「言盡於此」。

針對馬英九基金會邀訪陸生團來台的爭議言論，陸委會主委邱垂正當時受訪時曾提及將祭出處分，有可能不再允許馬英九基金會一段時間內再邀請相關團體來台參訪。