蒙藏委員會存廢問題引發諸多討論，為配合政府組改進程，立法院會今天(28日)通過廢止「蒙藏委員會組織法」，蒙藏委員會正式走入歷史，其相關功能將分別移入文化部、陸委會、外交部，並在文化部增設派出單位「蒙藏文化中心」。

有鑑於蒙藏委員會功能不清，有諸多立委提案廢止「蒙藏委員會」，而行政院人事行政總處人事長施能傑曾指出，行政院組織架構自2011年1月1日起，配合立法院立法進程及籌備情形陸續施行，部會數目由37個逐步精簡成29個，其中已沒有規畫設置蒙藏委員會。
而為配合政府組改進程，考量蒙藏委員會已完成階段性任務，立法院會28日通過廢止「蒙藏委員會組織法」，蒙藏委員會正式走入歷史，相關功能分別移入文化部、陸委會、外交部，並在文化部增設派出單位「蒙藏文化中心」。參與審查的民進黨立委李俊俋說：『(原音)隨著時空環境的轉變，我們對蒙藏的關心早該改弦易轍，我們該做的是如何保障在台灣的蒙胞跟藏胞，如何保障蒙藏文化在台灣可以繼續保留下去，在這裡我們要求廢止蒙藏委員會組織法，將原來蒙藏委員會公務員46名移撥到文化部跟陸委會，讓這個蒙藏委員會真正走入歷史，讓我們真正重視蒙胞藏胞，真正重視蒙藏文化，這才是我們應該做的。』
雖然國民黨立委在審查過程中質疑行政院僅以一紙命令就裁撤、移撥蒙藏委員會人員，相當不尊重立法院的審查，但經表決後仍通過此廢止案。
人事行政總處在審查中的報告指出，蒙藏會裁撤後各項業務依性質分別將蒙藏文化保存傳揚、藏傳文化移入文化部；蒙藏訊息蒐整、情勢研析移入陸委會；人才培育、人道援助蒙古國、俄羅斯三蒙裔共和國部分，移入外交部，員額則依業務移撥比例及現職人員意願調查結果，將預算員額分別移撥陸委會及文化部，並在文化部增設派出單位「蒙藏文化中心」。