教育部長潘文忠發出聲明，表示因為台大校長遴選爭議，造成教育界的對立，幾經思考之後決定辭去教育部長職務。對此，行政院長賴清德今天(14日)表示，潘文忠希望用自己的辭職為台大校長遴選劃出一道符合社會期待的標準，他欽佩潘文忠的立場，行政院勉予同意潘文忠的辭呈。

中央研究院院士、前國發會主委管中閔當選台大校長的爭議持續延燒，教育部長潘文忠發出聲明表示，台大校長遴選委員會對這次遴選過程的爭議與似是而非的模糊討論，即使遴選委員會做出了決議，他還是堅持要釐清相關爭議。潘文忠表示，他從來不畏懼擔任教育部長帶來的各種挑戰，但是台大校長遴選爭議已經造成教育界的對立和社會紛擾，幾經思考之後，他決定辭去教育部長的職務。
對此，行政院長賴清德14日在花蓮受訪時一度表示，潘文忠12日因為家庭因素請辭，行政院努力慰留。
不過，賴揆隨後受訪時又說，潘文忠希望以辭職為台大校長遴選劃出一道符合社會期待的標準。賴揆表示，他尊重潘文忠的決定，也非常欽佩他的立場，因此行政院勉予同意潘文忠的辭呈。賴清德說：『(原音)在此之前，行政院都還在努力，不過顯然部長決心已定，他希望用他的去職，為未來大學校長遴選，劃出一道符合社會要求的標準，這部分我必須要尊重，也表達欽佩之意。原則上我們會尊重部長這樣的決定，也希望社會能夠體諒，理解到他用心良苦。』
賴清德表示，這次台大校長遴選是百年來問題最多的一次，當事人管中閔不願意說明、遴選委員會不願意解釋、校務會議不願意調查，所以才會耽擱這麼多時間。
賴清德肯定潘文忠身為老教育人的貢獻，他也希望社會能夠支持潘文忠的決定；賴清德也呼籲管中閔盡早對外說明，讓台大校長遴選爭議盡早落幕。