針對在台灣懸掛五星旗問題，法務部認為，若因懸掛五星旗就被視為分裂國土而施以嚴厲刑罰，不符合憲法保障言論自由意旨，但民進黨台北市長候選人姚文智則主張，禁掛五星旗是國家對等與尊嚴問題，無關言論自由。兩岸事務主管機關陸委會今天(18日)則對此重申，法務部是行政院的法規解釋機關，陸委會尊重法務部對整體法規的說明。

民進黨台北市長候選人姚文智說若當選市長，上任第一天就要在台北市禁絕五星旗，姚文智認為這是根據國徽國旗法的立法精神，禁掛五星旗是國家對等、尊嚴問題，不是言論自由的問題。不過，法務部在今年初曾對禁止五星旗一事提出意見，「倘懸掛中國五星旗之行為即認分裂國土而施以刑罰，則無異僅因其言論主張分裂國土，即施以最嚴厲之刑罰，顯然逾越憲法第23條所定之必要範圍，與憲法保障人民言論自由之意旨不符。」
陸委會發言人邱垂正在例行記者會上回應媒體詢問時表示，法務部是行政院的法規解釋機關，陸委會尊重法務部的看法，邱垂正說：『(原音)國徽國旗法是種對等尊嚴，這個主管機關在內政部，相關機關都針對這個問題已經討論過，我們尊重法務部對整體法規的說明。』
關於媒體報導指中國南京市市長藍紹敏獲准來台，但日前卻駁回上海市台辦副主任李驍東的來台申請，質疑陸委會有雙重標準；邱垂正對此回應指出，陸方官員來台必須遵守我方相關規範，並符合聯審會的注意事項，我政府是使用相同標準處理，絕無標準不一致問題。
此外，繼海基會前任董事長田弘茂邀請中國大陸海協會前會長陳德銘來台訪問之後，海基會現任董事長張小月也有意邀請海協會現任會長張志軍訪台；邱垂正表示，只要張志軍有意願來台，政府歡迎且支持，屆時海基會將循例提出邀請，讓雙方在不預設政治前提下交流互動。