即將於明天(19日)早上就任的教育部長吳茂昆，今天(18日)晚上再以「貢獻所長 不應被刻意栽贓抹黑」為題，發出千字聲明，並詳列8點說明，澄清外界近日各項質疑，包括重申自己沒有擔任過中國軍方研究單位「西部超導材料科技有限公司」的顧問。

新任教育部長吳茂昆面對外界各項質疑，在2天內3度發聲明澄清。他在18日晚間的聲明中表示，他與中國國家科學研究院的學術交流，單純就是基於台灣中研院物理所和中國國科院之間的學術行為，及提供他本人在專業上的諮詢，從未接受中國國科院的任何職務。對於有人指稱他擔任「西部超導材料科技有限公司」(WST)的顧問，他強調，該公司從2002年成立至今，他從頭到尾沒有接受過這間公司的任何職務邀請。
對於「西部超導材料科技有限公司」在2010年3月公開募資說明書中，將他列為技術顧問一職，就他了解，這個公司曾和在台灣於2000年成立的「超導國際科技股份有限公司」(AST)，彼此在2003年交叉持股。他在2000年時，有過幾次提供台灣超導國際非正式的諮詢，但孰料當兩家公司交叉持股後，中國的西部超導公司卻是直接將台灣超導國際所諮詢過的學術界專業人員，都列為其公司名下成員。經他洽詢時任台灣超導國際總經理陳輝堂，才了解即使台灣超導國際公司已於2012年結束業務，但西部超導公司一直沿用台灣超導國際的文件到現在，所以陳輝堂也已對他造成的困擾表示抱歉。
吳茂昆也提到，他在美國工作期間，約在1981年拿到居留權，但在2002年接任國科會副主委後，已主動放棄居留權，從此之後也未申請過美國籍。另外，所謂溢領學術研究費的事情，已經過監察院調查是因學校作業程序上的疏忽，非他個人行為，且相關費用已繳回。至於說他控制校內人事權，但大學教師的升等是經過系、院教評會通過後，再經由教育部聘任，相關指控都經過相關主管機關正式調查過，希望外界不要再繼續舊事重提。
吳茂昆強調，長期在科學界的訓練，他對任何問題都「實事求是」，希望外界不要再以訛傳訛。而身為教育工作者，他極其願意提供任何他在學術領域的專業諮詢，這也是他願意接任教育部長的初衷。