東華大學教授王純娟今天(19日)前往台北地檢署，控告新任教育部長吳茂昆在擔任東華大學校長期間，自審彈性薪資，包括頂尖教授薪資、講座教授多出來60萬，加上原本校長薪資，每年都領將近新台幣500萬元，涉嫌貪污。對此，教育部表示，吳茂昆經東華大學學術獎助評審委員會審查通過，核予學術獎助金，但後來教育部人事處依監察院的意見，以不得重複領取相同補助的原則，已追回溢繳經費。
針對講座教授及彈性薪資部分，教育部說明，各校彈薪支給主要依據各校所訂定辦法處理，依照東華大學規定「延攬及留任國內外各類頂尖人才獎勵金給與辦法」，核給教授講座獎助金，由於吳茂昆為中央研究院院士，經該校聘為講座教授，並核給每月5萬元講座教授學術獎助金。
教育部指出，由於吳茂昆當時也是美國國家科學院院士，經該校學術獎助評審委員會審查通過核予學術獎勵金，但這項學術獎助金已扣減5萬元講座教授獎助金後發給。經當時查處原則符合該校規定，並由人事處要求學校依據監察院意見，以不得重複領取相同補助之原則，追回溢繳經費。